CpG-szigetek/-helyek CpG islands, CpG sites. CpG a 5'–C-phosphate-G–3' rövid formája, a DNS-szálon lévő egymás utáni CG (citozin, guanin) báziskettős. Az 5’-vég felé a citozin, a 3’-vég felé guanin van, ezeket foszfát köti össze. A kettőssel szemben a másik DNS-szálon a GpC báziskettős van. A CpG jelölést a DNS két szálán lévő CG bázispártól való megkülönböztetésre használjuk. A DNS-szálnak azt a legalább 200 bázispárnyi részét, amelyen >50%-ban van CpG-kettős (CG-ismétlet), nevezzük CpG-szigetnek. Átlagosan 1000 bázispárnyi hosszú, de 2000-nél rövidebb.

A CpG-szigetek ~70%-a a génnek 5’-vég felőli indítójában fordul elő; az indító felismerésére szolgál. Az 5’-végen lévő CpG-szigetek a háztartásgének mindegyikében megtalálhatók, a fajlagos géneknek azonban csak bizonyos százalékában. A 3’-végen lévő CpG-szigetek (~30%) szintén kapcsolatban vannak az átírással, az indító 3’-végi bázissorai.

Egyes szigetek CpG kettősei szokásosan nem metilezettek; ezek serkentik az átíródást átírásfehérjék kapcsolásával vagy a kromatin módosításával, ha hiányos a kromatin átalakulása. A CpG-szigetek metilezése visszafogja a génátíródást (például néma X kromoszóma) – a részletek pontosan nem ismertek. A DNS csaknem mindig a CpG-kettősök citozinján metileződik. (→DNS-metilezés)