ubikvitin-ligáz, E3 (E3-ligáz, E3-ubikvitin-ligáz) E3 ubuquitin ligase, ubiquitin protein ligase a lebontandó fehérjét és a hozzákapcsolt E2 enzimet felismerő, és fajlagosan kapcsoló enzim. ~600-féle ismert, nagycsaládot alkot, amelyet az E2-kötő gomolya szerint két nagy alcsaládba sorolunk: a RING (really interesting new gene) fehérjék és a HECT (homologous to E6AP C-terminus) fehérjék. A RING fehérjék közé tartoznak az U-doboz fehérjék is. Mindegyik tartalmaz SH-csoportot. Némileg eltérő mintázatokat azonosítanak, ezzel biztosítják fajlagosságukat. A HECT-E3 az E2-höz tioészterkötéssel kapcsolt ubikvitint közvetlenül áthelyezi a lebontandó fehérjére. A RING-E3 az ubikvitint először a saját ciszteinjén köti, és második lépésben helyezi a lebontandó fehérjére; hasonlóan hat az U-doboz gomoly is. A RING-E3 fehérjék más sejtfolyamatokban, 10–20 fehérjeössztesekben is részt vesznek. Az ubikvitin-ligázokat a gének sokasága képezi.