fehérje protein a sejt fő alkotórésze, a biológiai folyamatok meghatározója. Elsődleges szerepét tükrözi a protein megnevezés is: a protos (első) görög szó származéka.

A protein kifejezés köznyelvi jövevényszó; általánosan használjuk a fehérje kifejezésére. Szűkebb értelemben a protein csak az egyszerű – csupán aminosavakból felépülő – fehérjék elnevezése; az összetett – más elemet is tartalmazó – fehérjék a proteidek. A fehérje megnevezés áthidalja a kettősséget, és a tudományírásban is teljességgel használható. Leginkább idegen előtagú szóösszetételeken őrződik.

Mivel a fehérje élő szervezetben képződik, biomolekulának is nevezik. Másképpen életmolekula*: az élő szervezetet elsősorban a fehérjék működtetik. Bár az élet a fehérjék kialakulása előtt, ribonukleinsavakkal kezdődhetett, a ma élő szervezetek, beleértve a vírusokat is, tartalmaznak fehérjét.

A fehérje aminosavak különböző sorozatából felépülő olyan nagymolekula, amely egy vagy több polipeptidet tartalmaz. Utóbbi esetben az egyes polipeptideket a fehérje alegységének (protein subunit) nevezik. A fehérjét képező polipeptid hajtékolt térszerkezetű, a fehérje ebben különbözik a polipeptidtől.

Az aminosavak sorra fajlagos: egyféle fehérje minden tagjában azonos, minden más fehérjében különböző. A fehérje szerkezetét és működését az aminosavsor határozza meg. Egy-egy fehérjében akár több ezer aminosav is lehet. A fehérjék molekulatömege kDa nagyságú (5,5–200 kDa).

A fehérjék faj- és szervsajátosak. Egyik faj fehérjéi mások, mint a másik fajé; hasonlóan valamely szerv, illetve sejtféle saját fehérjekészlete is eltér más szerv, illetve sejtfajta fehérjekészletétől, és egy fehérjének eltérő testvérmásai (isoform) lehetnek a különböző szövetekben. Természetesen vannak közös fehérjék is. (→fehérjék formái összetételük, keletkezésük szerint, szabálytalan fehérjék csoportosítása)