MSH2 (MUTs homolog 2) DNA mismatch repair protein MSH2 a párhibát (mismatch) felismerő fehérje. Kettőst képez az MSH3-mal (MSH2–MSH3 [MUTsβ]) és az MSH6-tal (MSH2–MSH6 [MUTsα]); így hatékony. A magyarázat az, hogy a párhibakötő gomoly* (mismathch binding domain, MBD) a kettősökben jön létre; ez a gomoly kapcsolódik a DNS párhibás helyéhez. A kettős neve: párhiba-felismerő fehérje* (mismatch recognition protein MUTsβ/MUTsα).

Az MSH2–MSH6-nak a DNS-hez való kapcsolódását a hiszton-3 (H3) 36-os lizin hármas metilezése (H3K36met3) teszi lehetővé. A hármasan metilezett H3 toborozza a kettőst, az MSH6-nak a Pro-Trp-Trp-Pro (PWWP) gomolyát köti. A H3 tehát alapvető szabályozója a párhibajavításnak.

Az MSH6 kapcsolódik a CAF1-gyel (chromatin assembly factor 1) is, ez akadályozza meg, hogy a kromatin záródjék a hibajavítás befejezése előtt. A szabályozásnak tehát ez is része.

Az MSH2-nek és az MSH6-nak is van ATP gomolya. Amikor a kettős a DNS-hez kötődik, megváltozik a térszerkezete, lehetővé téve, hogy az ATP-t kötő gomoly kapcsolja az ATP-t.

A párhibát elsődlegesen az MSH2–MSH6 ismeri fel. A nagy beékelődés/elvesztés hurkot (4–20 bázisnyi) főleg az MSH2–MSH3 azonosítja. A kis beékelődés/elvesztés hurok (1–3 bázisnyi) felismerésére mindkettő képes. A helyreállítási folyamatban az MSH2–MSH6-nak nagyobb a szerepe, ezért az MSH3 hibája alig mutatkozik meg a párhibajavítás folyamatában. Az MSH2-hiba azonban felborítja az egész javítási rendszert. Az MSH2–MSH6-nak szerepe van a hasonmás átrendeződésben is. (→párhibajavítás)