enzimszerkezet (fehérjeenzim) gömbfehérje, egy vagy több gomolyodott polipeptidből áll. Az enzimfolyamat szempontjából két részt különböztetünk meg: a hatáshelyet* és a térkötőhelyet*. Az enzimfehérjék egyes gomolyai ugyan nem vesznek tevőlegesen részt az enzimfolyamatokban, mégis meghatározók, például a kötőgomolyok: kötik az enzimet a sejthártyához, vagy kapcsolófehérjékkel társulnak, amelyek az enzimfolyamatban részt vevő molekulákat hozzák össze. Nem mindegyik enzim tartalmaz ilyeneket.

hatáshely* active site az enzimnek az enzimhatást végrehajtó kis része, ez köti a vegyletet, benne zajlik le a vegyi átalakulás, az enzimfolyamat*. A hatáshelyet alkotó aminosav-oldalláncok lehetnek egymás mellett, de egymástól távol is, és csak az enzim térszerkezetének kialakulásakor kerülnek egymás mellé. A kötőhelyből* és a hatóegységből* áll.

kötőhely* a hatáshelynek a vegylet kötőmintázatához, térszerkezetéhez illeszkedő része (illesztéke); ide kötődik a vegylet.

hatóegység* a vegyi átalakulást sarkalló aminosav-oldalláncok összeállása, általában az enzim–vegylet kapcsolódással járó térszerkezeti változások következménye. A hatóegységet képező oldalláncok mások, mint a kötőhelyet alkotók. Sokszor hosszabb-rövidebb változó peptidrész van közöttük, amelyet változó szakasznak neveznek.

térkötő hely* allosteric site a hatáshelyen kívüli kötőhely, lehet bárhol a hatáshelyen kívül, és lehet több is. Nem mindegyik enzimnek van térkötő helye.

térkötő hézag* rés a kötőhelyben szabályozó molekula kapcsolására. Kivételes elem, csak egynéhány enzimben van

társható* cofactor az enzimhatást végző/segítő, kis szervetlen molekula, fémion (inorganic ion); az enzimmel gyenge kötéssel kapcsolódva hat a vegyletre. A kötőhelyre vagy a hatóegység környékére kötődik, részt vesz az enzim térbeli alakulásában és az enzimfolyamatban. Olyan enzimekben található, amelyek önmagukban nem, csak a társhatóval együtt tevékenyek. A társhatót kapcsoló enzimet félenzimnek* (apoenzyme), a társhatóval társultat teleenzimnek* (holoenzyme) nevezzük.

tartozékcsoport* prosthetic group az enzimhez erősen, attól nagyon nehezen elválasztható nem fehérje molekula; kötődhet elektronkötéssel is. Az enzim szerves része, működésének meghatározó eleme. Többségükben szervetlen ionok, pl. a karboxipeptidáz-A Zn⁺-t, az ATPáz Mg⁺-t tartalmaz, de lehetnek más molekulák; pl. hem, FAD, FMN stb. Nagyon sokféle van, az enzim működését is többféleképpen befolyásolják.