sokalakúság polymorphism (polimorfizmus)
a biológiában a DNS bázisainak (nukleotidjainak) valamely népcsoport (faj)
egyedeiben fellelhető olyan változatai, amelyek a népesség legalább 1%-ában
fordulnak elő. Általában genetikai sokalakúságnak nevezzük. (→genetikai sokalakúság)
Találatok címszavakban (4 szócikk):
DNS-sokalakúság* DNA polymorphism valamely népesség legalább 1%-ában előforduló DNS-változat. (→sokalakúság)
egynukleotidos sokalakúság (SNP) egyetlen bázis- (nukleotid-) pár különbözősége a két válzatban; ha a népesség legalább 1%-ban előfordul. (→genetikai sokalakúság)
genetikai sokalakúság genetic polymorphism az a jelenség, amikor a DNS válzatainak (alleles) – vagyis valamely kromoszómahelyén lévő bázisnak/bázisoknak – különböző változatai valamely népességben – megegyezés szerint – az egyedek legalább 1%-ban előfordulnak.
Az 1%-os határ jogosultságát többen vitatják, mert a változat lehet ritkább is, és nem egyértelmű a genetikai sokalakúság és a genetikai hiba megkülönböztetésében.
Egy-egy egyedben nagyon sok DNS-változat fordul elő: két nem rokon egyed közötti genetikai változatok számát ~3 millióra becsülik.
A bázisváltozat lehet egyetlen bázis, báziskettősök vagy hosszabb bázissorok változata. Lehetnek a génben – annak különböző részeiben –, avagy a génen kívül. Ennek alapján megkülönböztetünk egybázisú, kétbázisú, több-bázisú sokalakúságot.
A genetikai sokalakúság messze nagy többsége láthatatlan, az egyedségben azok mutatkoznak, amelyek befolyásolják a fehérjeképződést; ilyenek lehetnek pl. a génekben, a szabályozó elemekben lévő bázisváltozatok, illetve azok, amelyek közvetve (pl. a fehérjék módosulásaiban) befolyásolják a fehérjéket.
egybázisú (egynukleotidos) sokalakúság single nucleotide polymorphism, SNP (angol kiejtése: snip). Egyetlen bázis cserélődéséből keletkező DNS-változat. Ez azt jelenti, hogy a két válzat (pl. génválzat) bázissorának egyi bázispárja különbözik.
A báziscsere lehet azonos (synonymous) és nem azonos (non-synonymous). Az előzőben két purin, illetőleg két pirimidin cserélődik egymással, az utóbbiban purin–pirimidin csere megy vég be. A génekben lévő purin–pirimidin csere rendszerint megváltoztatja a keletkező fehérje aminosav-összetételét, az azonos formájú változatok cseréje általában nem. Azokat az agynukleotidos sokalakúságokatt, amelyek megváltoztatják az aminosavsort, aminosavcserélő egybázisú sokalakúságnak* (non-synonymous single nucleotide polymorphisms, nsSNPs) nevezzük.
Az egynukleotidos sokalakúság a DNS bármely részén előfordulhat: a gének kódoló (~1%) és a nem kódoló részeiben, valamint a gének között.
▪ A génekben lévő SNP-k zöme nem változtatja meg az aminosavak összetételét. Még a képezőben lévő egynukleotidos csere sem jár törvényszerűen aminosav-változással, Ennek az a magyarázata, hogy az emberi DNS-ben 64 bázishármas kódol 20 aminosavat, azaz egy-egy aminosavat több bázishármas is képezhet (bázishármastöbblet). (→bázishármas)
▪ A kódoló és az átírást befolyásoló bázisokban lévők megváltoztathatják a gén kifejeződését, a fehérjék aminosavainak összetételét, a fehérjék közötti kölcsönhatásokat, előidézhetnek fehérjeátalakulásokat, hatással lehetnek a sejtműködésre, megnyilvánulhatnak az egyedségben*; például betegséget okozhatnak.
▪ A DNS más részeiben előfordulók rendszerint közömbös változatok, ám ezek között is lehetnek az egyedségre hatók, például betegségre hajlamosítók, vagy éppen a betegség kialakulását gátlók. A nem kódoló bázisok egynukleotidos sokalakúságának azt a formáját, amely befolyásolja a fehérjéket, kifejeződő egynukleotidos sokalakuságnak (expression SNP) nevezzük.
A DNS-ben ~10 millió egybázisú változat van; 100-300 bázisonként fordul elő. A genetikai sokalakúság ~90%-át ezek teszik ki, legtöbbször (háromból két esetben) a citozin cserélődik timinre.
Egy-egy génnek sokféle, akár 8–10 egynukleotidos változata is ismert; előfordulásuk eltérő a különböző népességekben; jellemzője lehet valamely népcsoportnak.
Az SNP-k meglehetősen állandók, megmaradnak nemzedékről nemzedékre, ezért népességi tanulmányokban jól követhetők, nagyon alkalmasak genetikai összefüggések tisztázására, pl. a genom betegségekkel összefüggő térképezésére, betegségre hajlamosító báziseltérésekre, genetikai jelleg meghatározására stb.
több-bázisú (többnukleotidos) sokalakúság nagyon sékféle lehet; jellegzetes pl. az ismétlet-sokalakúdág, a TATA-doboz sokalakúsága stb.
ismétlet-sokalakúság* repeat polymorphism valamely népességben gyakran (>1 százalékban) előforduló fej–láb ismétlet változata. Jelentős szerepe van a gének kifejlődésében. Alkalmazható a géntérképezésben és genetikai kapcsolódások elemzésében.
Részleges egyezések (2 szócikk):
single nucleotide polymorphism (SNP) →egynukleotidos sokalakúság (SNP).
SNP ( single nucleotide polymorphism) →egynukleotidos sokalakúság