enzimosztályok az enzimeknek az általuk előmozdított enzimfolyamatok szerinti csoportosítása. Ezt is a Biokémiai és Molekolabiológiai Nemzetközi Szövetség végzi. Hat osztályt különböztetnek meg:

• Oxidoreduktázok (oxidoreductases). Társhatót (NAD⁺, fémion stb.) tartalmazó, elektront elvonó, átadó enzimek: Az elvonás, átadás együtt történik: az elektron leadó vegyület oxidálódik (töltése pozitív), a felvevő redukálódik (töltése negatív), ezért nevezzük oxidoredukcios – röviden redox – folyamatnak. Az elektront elvonók az oxidáló, az elektronadók a redukáló enzimek (dehidrogenáz, reduktáz, hidroxiláz, oxidáz, oxigenáz, peroxidáz). Ez a fémionokat tartalmazó enzimek alapvető hatásmódja. Az oxidoreduktázok sokféle szerves (alkoholok, aminok, ketonok) és szervetlen molekulákra (kis anionok [szulfit], fémek [higany]) hatnak. Az enzimfolyamatok ~30%-ának ez a hatásmódja.

• Transzferázok (transferases). Működési csoportokat (acil, amin, metilcsoport, foszforil, glikozilcsoport, karbonil, karboxil) visznek át egyik molekuláról (átadó, donor) a másikra (fogadó, acceptor), avagy ugyanazon molekula egyik helyéről a másikra. Pl.: a foszforilcsoportot szállítók a kinázok; a fehérjét foszforilálók a fehérje-kinázok; a metilcsoportot szállító a metil-transzferáz.

• Hidrolázok (hydrolases). Kötéseket (C–O, C–N, C–C, O–P) víz hozzáadással (hydrolysis) bontó enzimek. A vegylet egyik részhez kapcsolódik az OH-csoport, a másikhoz a H-atom. az enzim átmeneti kovalens kötést képez a vegylet valamelyik részével, és a vízből protont von el. Bontják többek között az észter-, a foszfát-, a glikozil-, az amid-, és a peptid-kötéseket. A rendszernevükben mindig benne van a hidroláz utótag (peptidil-hidroláz [peptidáz]), a közkeletű nevük a bontandó kötésféleség (acetiláz, észteráz, foszfatáz, glikoziláz) vagy a vegylet szerinti (lipáz, foszfolipáz, ATPáz).

• Liázok (lyases). A C–N (kivéve a peptidkötést), C–C, C–S kötéseket nem vízbontással és nem oxidációval bontó enzimek. Molekulacsoportot (ammónia, széndioxid stb.) vagy kis molekulát adnak vagy vonnak el egy másik molekulától kéttős kötéssel. Pl.: hisztidin-dicarboxiláz karboxilcsoportot (CO₂) von el a hisztidinből, és hisztamin keletkezik. A rendszernevükben szerepel a liáz (hisztidincarboxi-liáz). Közkeletű nevek az elvonásoknál: decarboxiláz (CO₂), aldoláz (aldehid), dehidratáz (víz); a hozzáadásnál: szintetáz stb.).

• Izomerázok (isomerases). A molekulán belüli szerkezeti és térbeli (izomer) átalakulásra (cisz-transz, aldóz-ketóz, epimerizáció stb.) ható enzimek; vegycsoportot helyeznek át a molekula egyik helyéről a másikra, változatot (isomer) képezve; a molekula összetétele változatlan marad, csak átrendeződik. Nevük az átalakulások szerinti: izomeráz, tautomeráz, cisz–transz-izomeráz stb. Pl.: glükóz-6-foszfát → fruktóz-6-foszfát (foszfoglüko-izomeráz).

• Ligázok (ligases). Nagy energiájú foszfátkötés hasításával kapcsolnak össze molekulákat kovalens (C─C, C─S, C─O, C─N) kötéssel. Nevük: a részvevő molekulák + ligáz/áz. Pl.: urea + bicarbonát + ATP → urea-1-karboxilát + ADP + Pi (urea-karboxiláz).