fehérje–fehérje kölcsönhatások protein–protein interactions, PPI két vagy több fehérje társulása; a sejtfolyanatok mindegyikében bekövetkezik. Három alapformájuk ismert:
▪ felszíni illeszkedés* surface–surface interaction a két fehérje felszini domborzata illeszkedik egymásba, mint a kulcs a zárba. Rendkívül fajlagos, viszonylag erős kapcsolódás.
▪ csavarmenetes illeszkedés* helix–helix interaction a társuló fehérjék egy-egy csavarmenete illeszkedik egymásba, fonadékot (coiled coil) képezve. Erős kapcsolódás; jellemző a génműködést szabályozó fehérjék kötődésére. (→fehérjealakzatok)
▪ hurokágyazódás* surface–string interaction az egyik fehérje kiálló hurka (aminosavlánca) belefekszik a másik fehérje felszíni vájatába. Általában a foszforilezendő gomolyok megnyúlt aminosavlánca kötődik így, pl. SH2 gomoly tirozonsora a foszforilező fehérje vájatába.