siRNS (small interfering RNA, siRNA) kis közbeavatkozó RNS* (egyéb nevei: short interfering RNA, silencing RNA) 19–25 nukleotidból álló, kétszálú RNS. Az miRNS-re jellemző szárhurok nincs benne. Két egyszálú RNS párosodik; a szálak a 3’-végen túlnyúlnak két bázissal. Az egyik szál az irányítószál (guide strand, antisense strand) a másik a kísérőszál (passenger strand, sense strand). (→miRNS)

A sejtplazmába került hosszú kétszálú (egyenes vagy szárhurkot tartalmazó) RNS-ből a DICER hozza létre az érett siRNS-t, lehasítva a hosszú kétszálú RNS 3’-végét. Hasonlóan az miRNS-hez, kapcsolódik AGO-fehérjével, kialakítva a RISC-et. A társulás következtében szétválik a siRNS két szála; a kísérőszál lebomlik. Az irányító szál vezeti a RISC-et a kiegészítő bázispárok szerint azonosított mRNS-ekhez. Azokkal tökéletesen párosodik, ezért az siRISC mindig hasítja az mRNS-t.

A sejtplazmába kerülő hosszú kétszálú RNS-ek keletkezhetnek a sejtben (belső siRNS, endo-siRNA), de bekerülhetnek a sejtbe a sejt környezetében lévő hosszú kétszálú RNS-ek is (külső siRNS, exo-siRNA); pl. a vírus mRNS-ből létrejövő kétszálú RNS alakul siRNS-sé.

Hozzávetőleg 200-féle siRNS-t ismerünk. Az siRNS is a RISC tagjaként szabályoz. Az siRNS-t kiterjedten alkalmazzák a ráksejtek elpusztítása: egyszerűem beadható (kivált a belégzési kezelés ígéretes; az érbe adva az enzimek gyorsan bontják), a ráksejtek burjánzását előidéző géneket célzottan gátolja, nincs mellékhatása.

piRNS (Piwi fehérje-RNS) piwi-interacting RNA, piRNA egyszálú, 23–30 nukleotid hosszú RNS; a kis közbeavatkozó RNS-ek közül a legnagyobb; a piRNS géncsoportosulások (piRNA clusters) terméke. Ezeket a géneket az RNS-polimeráz-II írja át; hosszú folytonos egyszálú RNS (ssRNA; single strand) keletkezik. Ez kerül a sejtplazmába, ahol RNáz hasítja piRNS-sé, vagy a már meglévő piRNS-t tartalmazó RISC (piRISC) köti bázispárosodással, és hasítja annak megfelelően.

Mindkét folyamatban 5’-monofoszfát közbenső piRNS (5’ monophosphate piRNA intermediate) képződik, amelyik hosszabb az érett piRNS-nél, és kapcsolódik PIWI fehérjével; ez alakítja érett piRNS-sé (→RISC).

Három alcsaládja ismert: a rasiRNS, a crasiRNS és a tel-sRNS – tevékenységük csak részben ismert.

rasiRNS (repeat-associated small interfering RNAs, rasiRNA) a férfi ivarsejtekben szabályozza az ugrálatok (transposons) és a visszugrálatok (retrotransposons) sokaságát.

crasiRNS (centromere repeat associated small interfering RNA) középrész-RNS* a kromoszómák középrészének ismétleteiről íródnak át, tevékenységük alig ismert.

telsRNS (telomere-specific small RNA, tel-sRNA) végrész-RNS* a kromoszómák végeinek, a végrészismétleteknek az átíródásából keletkező kis RNS (végrészátíratok, telomeric transcripts). A tel-sRNS-eket az ébrényi (embryonal) őssejtekben fedezték fel. Szerepük kevéssé ismert, bizonyára a végrészek kromatinjának szervezésében vesznek részt.

Az emberben a piRNS csak piRISC formájában van jelen. A piRNS-ek működésének megismerése további vizsgálatokat igényel. Jellegzetes, hogy a heterokromatikus területeken vannak jelen, feltehetően a heterokromatkus részek alapvető szabályozói. (→RISC)